A madeira está sujeita à degradação por organismos que dela se alimentam. No lenho estão presentes muitas substâncias nutritivas, como açúcares, carboidratos, gomas, resinas e amidos que constituem a base alimentar de uma infinidade de organismos, entre os quais, fungos, bactérias, insetos, moluscos e crustáceos. Estes organismos que degradam a madeira são conhecidos por xilófagos (do grego xylon, madeira e fagus, comer).

Fungos
Os fungos atacam em geral a madeira que apresenta um teor de umidade favorável ao seu desenvolvimento. O tipo de ataque é classificado de acordo com o fungo que se instala na madeira:


Emboloradores
Ascomicetos, deuteromicetos e, menos frequentemente, ficomicetos que atacam a madeira provocando o emboloramento. Estes fungos preferem as células do parênquima radial devido a grande quantidade de substâncias nutritivas que acumulam, uma vez que alimentam-se do conteúdo presente no lume das células.


Manchadores
Ascomicetos e deuteromicetos. As manchas são provocadas pelas pigmentação das hifas (estruturas filamentosas) ou devido às substâncias pigmentadas que estas expelem quando são hifas hialinas.


Podridão branca
Basidiomicetos que atacam a parede secundária e a lignina presente na madeira. Podem ocorrer linhas enegrecidas que margeiam a área afetada.

Podridão mole
Ascomicetos e deuteromicetos. As hifas penetram na parede secundária das células, tornando a madeira amolecida e causando degeneração em todas as suas características mecânicas.


Podridão parda
Provocada por basidiomicetos que nutrem-se dos hidratos de carbono presentes na parede celular. Causa o escurecimento da madeira e provoca fissuras por toda a peça, afetando a resistência da madeira.
       

Bactérias
O ataque de bactérias xilófagas é mais difícil de perceber e dura muitos anos, normalmente sem efeitos evidentes de imediato. É comum em madeiras que estarão expostas a condições anaeróbias (submersas ou enterradas). Caracteriza-se em alguns casos pelo aparecimento de manchas que progressivamente tornam-se amolecidas. As bactérias desempenham uma posição importante na colonização de xilófagos, pois, em geral, antecedem e podem favorecer a colonização por fungos.

Insetos
Dos insetos que atacam a madeira serrada, os besouros e os cupins estão entre os que causam piores danos. Traças, vespas, mariposas e outros em menor escala de importância também depositam seus ovos em peças de madeira ou utilizam-na como fonte de alimento.

Em relação aos besouros (ordem coleoptera) existe uma grande variedade que atacam a madeira e causam prejuízos relevantes (cerambycidae, scolytidae, platypodidae, bostrychideae, lyctidae e anobidae, entre outras). Os ovos podem ser depositados no lenho das árvores ou na madeira já cortada. Apesar de alguns serem muito pequenos (os escolitídeos e os platipodídeos não ultrapassam 1 mm de comprimento) promovem ataques devastadores na madeira: estão associados naturalmente a fungos, dos quais, em alguns casos, se alimentam.

Os cupins que atacam a madeira alimentam-se fundamentalmente de celulose. São classificados dentro da ordem isoptera. Estão, em geral, associados a microrganismos simbióticos que promovem a degradação enzimática da celulose presente no xilema. A estrutura social destes insetos é altamente organizada e complexa, com a colônia dividindo-se em várias castas hierárquicas.

Outros xilófagos
Moluscos (teredo) e crustáceos atacam peças em contato com a água do mar: esteios de marinas e portos de água salgada, cascos de embarcações de madeira. São conhecidos pelo nome de brocas marinhas e também causam prejuízo considerável.