A anatomia constitui-se de elemento fundamental para qualquer emprego industrial que se pretenda destinar à madeira. O comportamento mecânico da madeira (secagem, colagem de peças, trabalhabilidade e outros) está intimamente associado a sua estrutura celular. Através da anatomia é possível diferenciar espécies, identificando corretamente a madeira.

Na ponta dos ramos e também na ponta das raízes, há um tecido vivo denominado meristema: um tipo especial de células que se multiplicam estimuladas por hormônios vegetais (entre eles a auxina e a giberelina). Os hormônios são transportados para os meristemas e estes dividem-se originando novas folhas e galhos, na parte aérea da planta e, sob a terra, expandem as raizes.

As madeiras apresentam uma estrutura tridimensional, dividida em plano Transversal, Plano Radial e Plano Tangencial.

Diversos fatores podem provocar o aparecimento de defeitos na madeira.

A madeira, mesmo ainda sendo um componente da árvore, possui uma função ecológica importante, uma vez que integra efetivamente a composição de florestas e influencia o ambiente de diversas maneiras: manutenção do clima, constitui abrigo para a fauna, protege nascentes de rios, serve de ambiente para recreação, produção de sementes e alimentos.